因为公司原因不上班，还要扣我们的底薪合法吗？

员工底薪被扣是否违法，要看用人单位是否有违规扣员工底薪。单位可以代扣底薪的合法项目只有个人所得税、社保、法院规定的抚养费和法律规定的费用。工资底薪是指从业人员的基本工资。劳动者基本工资是根据劳动合同约定或国家及企业规章制度规定的工资标准计算的工资。也称标准工资。在一般情况下，基本工资是职工劳动报酬的主要部分。法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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用人单位拖欠或克扣工资，劳动者可以向劳动监察大队投诉或者直接申请劳动仲裁维权。维权时应注意收集整理必要的证据，如工作服、工资条、工牌证人等。